Монгольское нашествие, прокатившееся в первой половине XIII века по судьбам многих государств и народов Европы и Азии, опалило и Волжскую Булгарию. Первое вторжение монголов в 1223 году булгары отбили, нанеся поражение лучшим полководцам Чингис-хана. Однако силы были слишком неравными, и в 1236 году огромное войско под командованием Бату-хана, пройдя огнем и мечом, завоевало Булгарию. Особенно сильно пострадали закамские земли, где многие города и селения были сожжены дотла. Население их было частично уведено в рабство, а частично бежало на север - в Предкамье. Булгарское государство распалось на ряд феодальных владений, которые вошли в состав Улуса Джучи (Золотой Орды) как вассальные владения.

Постепенно страна начала возрождаться после разгрома. Быстро стали отстраиваться разоренные города, такие как Болгар, Джукетау, и возникать новые - Керменчук, Тубулгатау. Появились и укрепились новые политические и торговые связи. Способствовали этому выгодное расположение булгарских земель - на перекрестке торговых путей из Северной Европы и Руси в Нижнее Поволжье и Центральную Азию - и политика ханов Улуса Джучи, поощрявших торговлю и веротерпимость. Особого расцвета достигли города по рекам Волге и Каме, которые стали основными торговыми артериями Улуса Джучи.

Период наивысшего политического и экономического могущества империи Джучидов пришелся на конец XIII - первую половину XIV веков. Именно тогда, на волне подъема хозяйства и торговли, произошло усиление центральной власти, сложилась единая система управления, стабилизировались границы и прекратились междоусобицы. Интенсивно развивались десятки крупных городов, где вырабатывались единый литературный язык и пышная имперская культура. В качестве государственной религии был принят ислам. Одновременно происходило активное формирование сословия золотоордынской военно-служилой знати, включавшей в свои татаро-монгольские кланы также булгарскую и кыпчакскую аристократию. В среде этой знати вырабатывалось сознание новой "татарской" общности.

Стабильно развивались и булгарские земли. Традиционно основой хозяйства населения оставались земледелие, стойловое скотоводство, а также различные ремесла, такие как кузнечное, оружейное, гончарное, косторезное, ювелирное. Своеобразие булгарской культуры этого периода определялось сочетанием общезолотоордынских тенденций с до монгольскими традициями. Несмотря на завоевание, значительных переселений кочевников в Булгарию не было. Как правило, сюда переселялась лишь татарская знать со своими военными отрядами, которая заняла, тем не менее, главенствующее положение в булгарских землях и постепенно ассимилировала булгарскую аристократию, включив ее в состав своей клановой системы. В это время шло непрерывное освоение окраин булгарских земель, где резко увеличилось количество сельских и торгово-ремесленных поселений. Уже к началу XIV века их экономическое положение заметно укрепилось, что выразилось в возвышении городов - центров этих земель: Казани, Кашана и Чаллов в Предкамье, Тетеша и Япанче в Предволжье.

Казань, удачно расположенная близ северных пределов страны и на пути с берегов Волги на север в Верхнее Прикамье, и прежде была важным стратегическим пунктом. Но в золотоордынское время она стала центром обширной округи - земель бассейна реки Казанки (Казан Арты - Заказанья). Не исключено, что именно она служила местом сбора налогов и даней в пользу ханов Улуса Джучи. Соединение выгодного торгового местоположения с возросшей экономической самостоятельностью вызвало резкое усиление политической власти правителей Казани. Судя по сохранившемуся в окрестностях города надгробию, в конце XIII века ее правитель Хасанбек, сын Мир-Махмуда, имел пышный титул "Султан великий, знатнейший помощник султанов, эмир чтимый... победоносный... гордость рода и веры, тень Господа мира". Наличие этого титула достаточно красноречиво свидетельствует о том, что казанский султан имел статус, равный по значимости статусу правителя Болгара, и являлся вассалом ханов Улуса Джучи.

Коренные перемены в политической жизни булгарских султанатов произошли в 60-е годы XIV века, когда Улус Джучи вступил в полосу кризиса. По мере ослабления центральной власти все более самостоятельными и независимыми становились правители вассальных земель. Теперь во многом именно от их поддержки зависел успех того или иного претендента на ханский трон, и они стали принимать активное участие во внутриордынских усобицах и войнах. Булгарские султанаты, среди правителей которых особо выделялись могуществом правители Болгара и Джукетау, были в ряду таких ключевых регионов. Именно они оказались наиболее сильно втянутыми в ордынскую междоусобицу. В 1361 году Болгар захватил эмир Булат-Тимур, пытавшийся укрепить свою власть в Орде, а в 1376 году его осаждали московские войска по приказу эмира Мамая и булгарские владения попали под московский протекторат. Постоянными стали набеги новгородских пиратов - "ушкуйников", из года в год разорявших волго-камские берега. В результате этих войн и набегов Болгар начал терять главенствующее положение среди булгарских земель, в то время как Казань постепенно усиливалась.

За XIII-XV века город заметно вырос, но внутренняя планировка его существенно не изменилась. Укрепленная цитадель города расширилась в длину до 400 м, и площадь достигла 10 га. Однако продолжали функционировать ранее возникшие улицы с деревянным настилом. Начинается активное строительство каменных и кирпичных зданий - внутри крепости выявлены остатки башни (или минарета) и ряд белокаменных построек - мавзолеи и, возможно, мечеть. Здесь же фиксируются наиболее ценные и богатые находки предметов быта. С юга, востока и запада к крепости примыкают неукрепленные посады, где выявлены остатки меднолитейной (раскопки 1971 года) и кожевенной (раскопки 1953-1988 годов), а также следы гончарных и металлургических мастерских. Город в это время был важным торговым пунктом Поволжья, о чем говорят многочисленные находки китайского фарфора, кашинной среднеазиатской посуды и сфероконических сосудов.

К этому же времени относится целый ряд городских кладбищ, например, в районе современного Государственного объединенного музея Республики Татарстан и в Кремле, у здания Министерства сельского хозяйства и продовольствия Республики Татарстан. Оба эти кладбища мусульманские. Из какого-то городского кладбища происходят и знаменитые надмогильные плиты конца XIII века (1297 год). К этому периоду относится также находка 1893 года - большой монетный клад (597 штук), датируемый первой третью XV века.

Впервые Казань была упомянута в русских летописях, наравне с Джукетау, в 1391 году, а во время большого похода на Булгарию князя Юрия Дмитриевича в 1399 году Казань названа центром одного из султанатов, наряду с Болгаром, Джукетау и Керменчуком. В это время в Казани начинается чеканка своей монеты с указанием места чеканки - "Булгар ал-Джадид", то есть Новый Булгар. Все это указывает на усилившуюся военную мощь и политическое влияние казанских султанов, на их возросшие претензии на суверенитет в конце XIV - начале XV веков.

Важнейшим этапом на пути объединения всех булгарских земель под властью Казани стало приглашение на ее престол правителя из рода Джучидов - Гийас Ад-дина (1422 - 1438/1445? годы). При нем в Казани была проведена денежная реформа и началась чеканка монеты с его титулом "Султан высочайший" и собственным гербом - лировидной тамгой.

Казань пытается влиять и на внутриордынские дела, но неудачно. Уже с 1426 года Казань снова чеканит монеты от имени ханов Улуса Джучи. Одновременно неудачи в войнах с Московским великим княжеством (например, разорение Болгара в 1431 году) продемонстрировали неспособность булгарских правителей противостоять русским войскам порознь и отсутствие помощи от занятых междоусобными войнами ордынских ханов.